不過這些iPhone使用者，也會慢慢開始發現，雖然iPhone的介面和操作特效比起其他競爭對手明顯酷上許多，但是有些問題是初代iPhone頗為麻煩的問題。有些可能可以透過軔體的更新來改善，但有些是硬體的問題，就只能等待二代iPhone才有可能改進了。

以下是CNET news.com John P. Falcone列出來他所猜測的13點下一代iPhone可能改進的部份。括弧中是可能會出現的機率。

3G(初代：0％；下一代：100％)：沒有3G可能是初代iPhone目前最為人詬病的部份，目前在美國也僅能用EDGE，沒有3G，當然更別提HSDPA了。

藍牙A2DP(初代：85%；下一代：100％)：初代iPhone有內建藍牙2.0，但是為了不知名的理由，卻沒有支援A2DP，有人猜測可能是蘋果要等待發表自家的耳機配件--iHeadphones（聽起來很不合理），或者是支援iPhone的第二代Apple Hi-Fi （聽起來更不合理）。這個功能或許可透過軔體來升級。

採用可更換的電池(初代：0％；下一代：5％)：像所有的iPod一樣，iPhone也不能自行更換電池，蘋果預計你可以對iPhone充電300-400次，然後送回去蘋果店換一個新的電池（79美金，運費7美元）。不過iPod都已經賣到5.5代了，蘋果也沒有改過這個作法，對於iPhone恐怕也不要太過期待。

 
非常平滑的背面，代表無法自行更換電池

非深陷式的耳機孔(0％ / 25％) ：雖然iPhone採用3.5mm耳機孔，但卻比較深，如果你想要使用自己買的耳機麥克風，必須另外花錢買個連接器 。 不過也有陰謀論認為這是蘋果和耳機製造商的陰謀。

 
隨著iPhone熱賣，耳機轉接器應該也會有不低的銷量

可擴充的記憶體(0% / 5%)：iPhone有兩個版本：4GB和8GB，以手機而言當然不小（之前也不過僅有Nokia N91和Sony Ericsson W950i有內建4GB這種容量的手機），不過如果你想要在旅行時在上面看影片的話，就顯得不夠了。當然我們期待32GB或64GB SSD會出現在iPhone上面，但是就像iPod一樣，不用太期待在iPhone上會有記憶卡槽。

GPS (0% / 33%)：內建Google Map當然很好，不過如果能隨時知道自己在哪，或是能夠導航當然就更好了。Falcone猜測會有1/3的機率，下一代iPhone會內建GPS，我則認為大概只有10％。

MMS(50% / 75%)：iPhone有內建SMS和e-Mail，不過沒有MMS(Mulitimedia Message Service)，理論上要加入這個功能不難，不過如果是這樣的話，那為什麼不直接加進去呢？

內建IM軟體(33% / 66%)：iPhone可以很容易連上AOL、Yahoo、Google的eMail服務，但是卻沒有放進任何一家IM軟體。理論上，你可以透過Safari跑Meebo(一個Web版本的整合式IM服務)來使用這些IM功能，不過如果能夠直接內建軟體當然更好。

在iPhone上面跑Meebo

支援Flash(33% / 75%)：如果把iPhone當作一個小型的OS X電腦的話，那iPhone上的Safari應該也要有Flash的插件才對。不過既然Goolge打算打Youtube上的影片轉為H.264，或許Flash解決方案的優先順序不會太過重要。

除了Safari之外，其他應用程式也要有橫向鍵盤 ( 90% / 100%) ：目前除了在Safari中，你可以在橫向顯示下叫出鍵盤外，其他如email、簡訊等都無法橫向顯示下叫出鍵盤，這點實在很怪。

可錄影的相機(33% / 85%)：現在許多手機的相機都可以錄影，而iPhone卻沒有這個功能。或許蘋果在等待更大的儲存容量吧...。

 
iPhone拍出來的照片，但無法錄影

可自訂的鈴聲(95% / 100%)：應該會是很快就會出現的功能，不過Falcone猜測不會是一般我們期待的自訂鈴聲功能（用所有iTune裡面有的歌曲當作鈴聲），而是你要在花錢買一小個片段當作鈴聲（會不會太愛錢了一點）

支援安裝第三方軟體(25% / 50%)：理論上這可以解決不少上面提出來的問題，不過目前看來iPhone只打算開放用Safari來跑的AJAX網頁程式而已。